如同系列的其他作品，《超级机器人大战T》中也存在大量隐藏关卡和隐藏机体，本攻略会助各位玩家在流程中解开这些隐藏要素。
隐藏关卡
游戏内存在一定数量的隐藏关卡，隐藏关卡不影响主线剧情，但会提供资金和机体提前加入等强化效果。以下列出了各个隐藏关卡的开启条件和过关奖励。
隐藏关01：以正义和勇气为友
开启条件：
1.第11话，我王凯牙击坠3架以上敌机
2.第11话过关时，Dann的击坠数>20
过关奖励：
艾尔多拉魂和黑暗勇者会加入，否则艾尔多拉魂会在24话加入，黑暗勇者不会加入
隐藏关02：私人任务
开启条件：
第26话前，黑百合与抚子B的击坠数合计不小于80,且我方ACE>2,或者GRADE等级不小于3
过关奖励：
后援人员“观察员”提前加入，黑百合与2架艾斯特巴利斯强化。大量资金和强化零件
隐藏关03：V交汇
开启条件：
第34话过关时，我方ACE>5,GRADE等级不小于4
过关奖励：机战V独有的强化零件
隐藏关04：来访者X
开启条件：
第42话过关时，我方ACE>10,GRADE等级不小于5
过关奖励：机战X独有的强化零件
隐藏关05：流浪的哈曼
开启条件：
第45话过关时，满足夏亚小队和哈曼小队的加入条件
过关奖励：哈曼+丘贝雷，玛修玛+萨克III改，裘尼+亚克托-德卡（绿）
隐藏机体
1.夏亚小队：夏亚+夜莺，葵丝+α-阿基尔+亚克托-德卡（红），裘尼+亚克托-德卡（红）
获得步骤：
第41话，阿姆罗与葵丝交战一次，卡缪与裘尼交战一次，阿姆罗或者普鲁击坠葵丝。阿姆罗或卡缪击坠裘尼。
A.第42话选择夏亚路线时：
B.第42话选择哈曼路线时：
C.第42话选择独自路线时：
达成以上条件后，无论是否开启隐藏关05，夏亚都会在第47话加入；葵丝会在第45话结束时加入；裘尼会在隐藏关05结束时加入。
2.哈曼小队：哈曼+丘贝雷，玛修玛+萨克III改
获得步骤：
A.第42话选择夏亚路线时：
B.第42话选择哈曼路线时：
C.第42话选择独自路线时：
达成以上条件后，哈曼会在隐藏关05结束时加入，玛修玛会在隐藏关05结束时加入。
3.普鲁+丘贝雷MKII（紫），普鲁兹+丘贝雷MKII（红）+昆曼沙
获取步骤：
达成以上条件后，在第34话选择地上路线，普鲁会在合流后加入；若第34话选择宇宙路线，普鲁会在第35话捷多说得普鲁兹过关后加入。普鲁兹会在第45话结束时加入。
4.东方不败+宗师高达
获取步骤：
达成以上条件后，东方不败会在第47话作为增援出场并加入，否则会在IF路线52话加入。IF路线开启条件见流程攻略，二周目起可直接选择进入。
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